Truyền thuyết ở đền Vực Vông tại quần thể di tích cố đô Hoa Lư, ngay bên dòng sông Hoàng Long, thuộc thôn Chi Phong - Trường Yên - huyện Hoa Lư, Ninh Bình cũng kể về cái chết của Nguyễn Thị Niên sau khi báo thù cho chồng[6].

Theo truyền thuyết này, Bùi Văn Khuê cùng Phan Ngạn đều là bộ tướng của Nguyễn Quyện và đều mang lòng yêu bà. Nhờ tài năng chinh phục được vực xoáy ở Vực Vông, cho người kê đá xoay lại dòng chảy thì không còn vực xoáy nữa, Bùi Văn Khuê được Nguyễn Quyện gả Nguyễn Thị Niên cho.

Phan Ngạn căm tức vì không lấy được Nguyễn Thị Niên, bèn vu cáo Nguyễn Quyện khiến Nguyễn Quyện bị mất chức và chính Phan Ngạn được lên thay. Sau đó Ngạn sai người ám sát Bùi Văn Khuê để mưu chiếm Nguyễn Thị Niên.

Để trả thù, Nguyễn Thị Niên cũng giả cách nhận lời lấy Phan Ngạn và dụ Phan Ngạn lên thuyền giữa sông Hoàng Long rồi giết Ngạn, như thuyết kể trong sách Khâm định Việt sử thông giám cương mục. Bà sai chặt đầu Phan Ngạn đem tế chồng. Sau đó, bà nhảy xuống sông tuẫn tiết.

Thi hài bà trôi dạt vào vực Vông. Thương tiếc và biết ơn bà, nhân dân địa phương đã lập đền thờ bà ngay cạnh đó và gọi là đền Vực Vông.